Okulumuz 2012-2013 Eğitim Öğretim Yılında bağımsız bir kurum olarak Pamukova Anadolu İmam Hatip Lisesi binasında eğitim öğretime başlamıştır. Okulumuzun kurucu ve ilk müdürü Hüseyin DURMUŞ´tur. Yeni binamızın yapımı Muradiye Kültür Vakfı Pamukova Babam Sultan Şubesi tarafından üstlenilmiş, 14 Şubat 2014 tarihinde temeli atılmıştır. Aydın Mensucat tarfından yaptırılan yeni binamızın yapımı 2014-2015 Eğitim Öğretim Yılının 2. döneminde tamamlanarak hizmete girmiş ve adı Mehmet Atıf Aydın İmam Hatip Ortaokulu olarak değiştirilmiştir.Okulumuzun 2. müdürü İbrahim ÖZKAYA 2015 tarihinden bu yana görevini sürdürmektedir.